PipeCraft2 (бета-версия).

PipeCraft2 - кросс-платформенный конструктор пайплайнов для анализа данных метабаркодинга.
Поддерживаемые данные: платформы Illumina, MGI-Seq, PacBio.
GitHub репозиторий: https://github.com/SuvalineVana/pipecraft-vue
Документация: https://pipecraft2-manual.readthedocs.io/en/stable/

Програма находится пока в активной разработке.

Особенности и функции

• Конструктор пайплайна
  
  

• Настройка модулей (на примере программы cutadapt для удаления праймеров)
  
  

• Импорт и экспорт нстроек
  
  

Установка

Docker Desktop

https://desktop.docker.com/win/stable/amd64/Docker%20Desktop%20Installer.exe

PipeCraft2 beta

https://github.com/SuvalineVana/pipecraft/releases/download/0.1.0/pipecraft.Setup.0.1.0.exe

Ссылки

• Anslan S, Bahram M, Hiiesalu I, Tedersoo L. PipeCraft: Flexible open-source toolkit for bioinformatics analysis of custom high-throughput amplicon sequencing data // Molecular Ecology Resources 17 (2017). DOI:10.1111/1755-0998.12692

---

Примеры анализа данных с использованием:

• USEARCH
• DADA2